Nachdem ich ja ein paar Leute beackert hatte, weil ich ein Problem beim Update meiner Drupal Installation hatte, hier die Lösung:
In der Tabelle "system" trägt Drupal Informationen zu den verwendeten Modulen ein. Und da ich mal, blöderweise, alle Module inkl. denen in /modules nach /sites/all/modules kopiert hatte, stand bei allen Modulen dieser Pfad drin. Auch bei den Systemmodulen, die dort wirklich nichts verloren haben.
Also schnell bei allen Drupal Kernmodulen alle Pfade geändert und schon lief das Upgrade auf drupal 6.12 reibungslos. Bis jetzt zumindest, ausser ich hab ein Modul übersehen oder eines zuviel geändert, aber das wird sich bald zeigen. :-)
Trotzdem danke an alle, die mir ihre Zeit geopfert haben.
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